anticipo y aplicacion de enticipo y resto

Hola buen día, el día de hoy un cliente me hizo una compra y entre ellas hay un articulo que no tenia pero me realizo el pago parcial por medio de tarjeta de débito, no realice el ticket por que no tenia existencias, en este caso como podría generar el anticipo y cuando le entregue las piezas faltantes al hacer la factura y al aplicar el anticipo mas la diferencia del total, que procedimiento debería de seguir?