aplicar cobro

Buenas tardes
necesito aplicar un pago de un cliente, pero si entro a la pantalla Finanzas-Cxc-Descargar Cartera-Cobros no me aparece la factura para el pago, si genero un reporte si esta viva la factura, lo que hice diferente fue que primero genere una remision y posteriormente facture la remision, no se si eso afecto, si es asi como puedo aplicar este pago.