Diferencia de precios en los totales de los cfdis

Buenas tardes, nos ha estado llegando ciertas inquietudes de nuestros clientes con respecto a su representación impresa (pdf) con el xml. Los descuentos, subtotales, ivas o totales, no están coincidiendo, el pdf tiene una cantidad diferente con el xml, y esto les o nos afecta cuando pagan la factura. Como podemos solucionar esto en el Mpro?.
Nota, nosotros manejamos descuentos ya sea por renglón o descuentos globales.