Error en complemento

Error en complemento el emitirse, un cliente nos realiza la observacion y por lo tanto correccion de un complemento que se emitio, que se genera como si se hubiesen recibido 2 depositos, sin embargo solo fue 1, revisando esa aplicacion generada a traves de la pantalla de cobros, la aplicacion de las facturas se aplico en 1 solo deposito, por que hace esta separacion en el XML?