Series de facturas cruzadas

Dilema con las facturas.

Resulta que al facturar en una sucursal en especifico en el punto de venta, se cruzan las series para facturar a pesar de que esta debidamente configurada.

Serie/fto de facturación: FF
Serie/fto pago parcial: CCA

Todas las facturas me la realiza con el pago parcial es deicr la serie CCA.

¿Que se requiere hacer para solucionar este dilema?