TIPO PAGO CFDI

Buenas tardes, al realizar una factura CFDI 3.3, y hacer el cobro en la misma ventana de factura o nota de venta (con check de facturar) , se realiza el cobro antes de la firma de la factura, sin embargo en las tablas guarda diferentes formas de pago, si pago en efectivo guarda el tipo 99 en la tabla comprobante digital y el la factura sale 99 cuando se hizo 01... Me explique?